รูปแบบการออกแบบและวิธีแก้ปัญหาสายโซ่โพลีเปปไทด์เปปไทด์

I. สรุป
เปปไทด์เป็นโมเลกุลขนาดใหญ่พิเศษซึ่งมีลำดับที่ผิดปกติในลักษณะทางเคมีและกายภาพเปปไทด์บางชนิดสังเคราะห์ได้ยาก ในขณะที่บางชนิดสังเคราะห์ได้ง่ายแต่ทำให้บริสุทธิ์ได้ยากปัญหาในทางปฏิบัติคือเปปไทด์ส่วนใหญ่จะละลายได้เล็กน้อยในสารละลายที่เป็นน้ำ ดังนั้นในการทำให้บริสุทธิ์ของเรา ส่วนที่สอดคล้องของเปปไทด์ที่ไม่ชอบน้ำจะต้องละลายในตัวทำละลายที่ไม่ใช่น้ำ ดังนั้นตัวทำละลายหรือบัฟเฟอร์เหล่านี้จึงมีแนวโน้มที่จะไม่สอดคล้องกับการใช้งานอย่างรุนแรง ของขั้นตอนการทดลองทางชีววิทยา ดังนั้นช่างเทคนิคจึงไม่ได้รับอนุญาตให้ใช้เปปไทด์เพื่อวัตถุประสงค์ของตนเองโดยเด็ดขาด เพื่อให้การออกแบบเปปไทด์สำหรับนักวิจัยมีหลายประการดังต่อไปนี้

รูปแบบการออกแบบและวิธีแก้ปัญหาสายโซ่โพลีเปปไทด์เปปไทด์
ประการที่สอง ทางเลือกที่ถูกต้องของเปปไทด์สังเคราะห์ที่ยาก
1. ความยาวรวมของลำดับแบบควบคุมล่าง
เปปไทด์ที่มีสารตกค้างน้อยกว่า 15 ชนิดจะได้ง่ายกว่าเนื่องจากขนาดของเปปไทด์เพิ่มขึ้นและความบริสุทธิ์ของผลิตภัณฑ์น้ำมันดิบลดลงเนื่องจากความยาวรวมของสายเปปไทด์เพิ่มขึ้นเกิน 20 สารตกค้าง ปริมาณผลิตภัณฑ์ที่แม่นยำจึงเป็นข้อกังวลหลักในการทดลองหลายๆ ครั้ง เป็นเรื่องง่ายที่จะได้รับผลที่ไม่คาดคิดโดยการลดจำนวนสารตกค้างให้ต่ำกว่า 20
2. ลดจำนวนสารตกค้างที่ไม่ชอบน้ำ
เปปไทด์ที่มีเรซิดิวที่ไม่ชอบน้ำส่วนใหญ่โดยเฉพาะอย่างยิ่งในบริเวณ 7-12 เรซิดิวจากปลาย C มักจะทำให้เกิดปัญหาในการสังเคราะห์สิ่งนี้ถูกมองว่าเป็นการรวมกันที่ไม่เพียงพอเนื่องจากได้รับแผ่นพับ B ในการสังเคราะห์“ในกรณีเช่นนี้ อาจมีประโยชน์ในการแปลงสารตกค้างเชิงบวกและเชิงลบมากกว่าสองชนิด หรือใส่ Gly หรือ Pro ลงในเปปไทด์เพื่อปลดล็อกองค์ประกอบของเปปไทด์”
3. การลดปริมาณสารตกค้างที่ “ยาก”
“มี Cys, Met, Arg และ Try อยู่จำนวนหนึ่งซึ่งโดยทั่วไปแล้วไม่สามารถสังเคราะห์ได้ง่าย”โดยทั่วไป Ser จะถูกใช้เป็นทางเลือกที่ไม่ก่อให้เกิดปฏิกิริยาออกซิเดชันกับ Cys
รูปแบบการออกแบบและวิธีแก้ปัญหาสายโซ่โพลีเปปไทด์เปปไทด์

ประการที่สาม ปรับปรุงทางเลือกที่ถูกต้องในการละลายน้ำ
1. ปรับขั้ว N หรือ C
เมื่อเทียบกับเปปไทด์ที่เป็นกรด (นั่นคือ มีประจุลบที่ pH 7) แนะนำให้ใช้อะซิติเลชั่น (อะซิติเลชั่นที่ปลาย N, ปลาย C ที่คงกลุ่มคาร์บอกซิลอิสระไว้เสมอ) แนะนำให้ใช้เพื่อเพิ่มประจุลบอย่างไรก็ตาม สำหรับเปปไทด์พื้นฐาน (นั่นคือ มีประจุบวกที่ pH 7) แนะนำให้ใช้อะมิเนชัน (กลุ่มอะมิโนอิสระที่ปลาย N และอะมิเนชันที่ปลาย C) ได้รับการแนะนำเป็นพิเศษเพื่อเพิ่มประจุบวก

2. ย่อหรือขยายลำดับให้ยาวขึ้นอย่างมาก

ลำดับบางส่วนประกอบด้วยกรดอะมิโนที่ไม่ชอบน้ำจำนวนมาก เช่น Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr และ Ala เป็นต้น เมื่อสารตกค้างที่ไม่ชอบน้ำเหล่านี้เกิน 50% มักจะละลายได้ยากอาจมีประโยชน์ในการขยายลำดับให้ยาวขึ้นเพื่อเพิ่มขั้วบวกและขั้วลบของเปปไทด์เพิ่มเติมทางเลือกที่สองคือการลดขนาดของสายโซ่เปปไทด์เพื่อเพิ่มขั้วบวกและขั้วลบโดยการลดปริมาณสารตกค้างที่ไม่ชอบน้ำยิ่งด้านบวกและด้านลบของสายโซ่เปปไทด์มีความแข็งแรงมากขึ้นเท่าใด โอกาสที่จะทำปฏิกิริยากับน้ำก็จะยิ่งมากขึ้นเท่านั้น
3. ใส่สารตกค้างที่ละลายน้ำได้
สำหรับสายเปปไทด์บางชนิด การรวมกันของกรดอะมิโนเชิงบวกและเชิงลบบางชนิดสามารถปรับปรุงความสามารถในการละลายน้ำได้บริษัทของเราแนะนำให้ใช้ N-terminus หรือ C-terminus ของเปปไทด์ที่เป็นกรดร่วมกับ Glu-Gluให้ปลายทาง N หรือ C ของเปปไทด์พื้นฐาน จากนั้นให้ Lys-Lysหากไม่สามารถวางกลุ่มที่ถูกชาร์จได้ Ser-Gly-Ser ก็สามารถวางไว้ที่ปลายทาง N หรือ C ได้เช่นกันอย่างไรก็ตาม วิธีการนี้ใช้ไม่ได้ผลเมื่อไม่สามารถเปลี่ยนด้านข้างของสายเปปไทด์ได้